Vino al mundo en la noble villa de Belmonte y fueron sus padres don Lope de León y doña Inés de Varela. Fue Luis el primero de seis hermanos. Nombrado don Lope abogado de la Corte, hubo de trasladarse con toda su familia a Madrid, cuando su primogénito no había cumplido todavía los seis años; poco después fijaban su residencia en Valladolid. Y al cumplir los catorce años de edad, don Lope lo envió a estudiar Leyes en Salamanca. Pero no más de cuatro meses siguió aquellos estudios, ya que, atraído por la vida ejemplar que se vivía en el Convento de san Agustín, decidió ingresar en él. Un año de noviciado y el 29 de enero de 1544 hacía su profesión religiosa.
Fue el catedrático más famoso de la Universidad de Salamanca. Sobre sus clases comenta con acierto A. Bell:
“Fray Luis de León dejó en varias generaciones de estudiantes el profundo sello de sus explicaciones, llenas de estímulo, personalidad, vida y lucidez. Tuvo siempre el don de captarse las simpatías de sus oyentes y de mantenerse en íntimo contacto con ellos; como era un brillante dialéctico, lo mismo deleitaba al más exigente auditorio con su certera y bien fundamentada argumentación de estilo escolástico, que hacía ver el palpitante interés y la incomparable poesía de las Sagradas Escrituras, o daba un cálculo científico acerca de la duración de la tierra (Cf. Opera, vol. III, 474-81)”.
El poeta, el pensador, el teólogo, el biblista, el místico, que todo eso es fray Luis, se dieron la mano para crear obras tan acabadas como sus Poesías, la Exposición del Cantar de los Cantares, La perfecta casada, Los Nombres de Cristo y la Exposición del Libro de Job.
Precisamente, uno de estos escritos –Exposición del Cantar de los Cantares–, junto con algunas de las opiniones manifestadas en sus clases y, sobre todo, la envidia de algunos de sus émulos en la Universidad de Salamanca le valieron casi cinco años de prisión en las cárceles de la Inquisición en Valladolid. Absuelto de las acusaciones, regresó en olor de multitudes y con renovado prestigio a su cátedra de Salamanca. De allí en adelante hubo de alternar sus clases con comisiones oficiales, entre las que sobresalen: las representaciones para resolver asuntos importantes de la Universidad ante las más altas jerarquías, ejecución de los Breves pontificios a favor de la Reforma de santa Teresa y la publicación de las Obras de la Santa, comisionado por el Consejo Real. Y dentro de la propia Orden fue animador de la reforma de los Agustinos Recoletos. Acabó sus días en Madrigal de las Altas Torres, a los nueve días de haber sido elegido Prior Provincial de la Provincia de Castilla, el 23 de agosto de 1591. Sus restos reposan hoy en un austero a la vez que artístico monumento en la capilla del conocido edificio antiguo de la Universidad de Salamanca.