Vino al mundo en el año de 1508, en la localidad de Ordizia, siendo sus padres de ilustre linaje. Cuando comenzó sus estudios destacó en matemáticas, pero dominaba también el latín y la filosofía. Quedó huérfano pronto, pero ya habiendo adquirido una buena formación. Aunque sus padres querían que se dedicara a la vida eclesiástica, decidió que era mejor la militar, pues de esta manera era más fácil alcanzar fama y bienestar. Por ello, se alistó en el ejército y, participó en las guerras de Germania y la península itálica, alcanzando por su valor y dotes de mando, el grado de capitán.
Fogoso guerrero, pelea durante ocho años en las Molucas, en una guerra fratricida contra los portugueses. Cuando sus obligaciones se lo permitían, se daba a la lectura y así, sus conocimientos sobre las matemáticas, le permitieron alcanzar los de astronomía y cosmografía. Con su experiencia y conocimiento, era un valioso elemento para la navegación y fue escalando poco a poco, llegando su valía al conocimiento del rey Felipe II, que contará con él en varias de sus empresas.
Sus viajes por el ancho mundo le abrieron nuevos horizontes personales y, a su vez, él abrió nuevos rumbos para sus seguidores.
El joven Urdaneta, se convierte en un hombre universal, habiendo dado la vuelta al mundo a los 28 años. Después de recorrer el mundo y vivir toda clase de aventuras, Andrés de Urdaneta se plantea cambiar de rumbo y abrazar la vida religiosa. Así, decide ingresar en el Convento de San Agustín de México, donde profesará el 20 de marzo de 1553. Pero su aventura por el mundo no termina, ya que es reclamado una y otra vez para distintas expediciones.
Mientras tanto, se va difundiendo su fama de buen navegante. El 24 de septiembre de 1559 es despachada en Valladolid una Cédula Real de Felipe II en la que escoge a Urdaneta como director técnico de una nueva expedición hacia las islas del Poniente. El 21 de noviembre de 1564, la expedición se hace a la mar en el puerto de Navidad. Era jefe de la expedición Miguel López de Legazpi y director técnico Fr. Andrés de Urdaneta con el que van otros 4 frailes agustinos. Iban a bordo 380 hombres entre soldados y gente de mar. La expedición, guiada por el cosmógrafo y marino Urdaneta, llegó el 27 de abril de 1565 al puerto de Cebú. El 1 de junio de 1565 zarpó del puerto de Cebú la nave capitana San Pedro rumbo a Nueva España para realizar el “tornaviaje”. Cruzaron el Océano Pacífico, llegando a las costas de California y descendiendo después hasta México. El 1 de octubre, después de cuatro meses de singladura desde Cebú, el monje y marino Urdaneta se encontraba de regreso en el puerto de la Navidad, del que había salido apenas diez meses antes. Poco después, el día 8 llegó a Acapulco. Este puerto –inaugurado por Urdaneta–, lo haría legendario la ruta del “Galeón de Acapulco” o “Galeón de Manila”.
Para comunicar personalmente al Rey su descubrimiento, viaja a España y acredita la nueva ruta de regreso entre Filipinas y México, que se conocerá con el nombre de “Tornaviaje”. Esta ruta permitió el intercambio cultural y comercial entre Asia y América.
Después de casi quince años de servicios guiando naves y llevando la fe a todos los confines del mundo, Urdaneta ya no quiere más honores ni viajes, solo añora el regresar a su celda y descansar; sabe que le queda poco tiempo y solicita regresar a su monasterio en ciudad de Méjico. Pero nadie le quería dejar marchar, pues el propio Real Consejo de Indias, pretendía que se quedara como jefe de la escuela de pilotos y por tanto le negaba una y otra vez la posibilidad de embarcar. A final, ya muy cansado, se dirige al Rey y éste se ve en la obligación de concederle el pase a las tierras de Nueva España.