Nació en Córdoba el 29 de junio de 1771. Era hijo de don Roque Lorenzo Muñoz de León y doña Antonia Rafaela de Vega. Cursó filosofía en el Colegio dominicano de San Pablo; su contacto con algunos prestigiosos agustinos le hizo sentirse llamado a la vida religiosa retirada, encontrando que el convento de Ntra. Sra. de Regla (entre Sanlúcar y Chipiona) allí tomó el hábito y profesó, probablemente, en 1787. Realizó su formación filosófica en los conventos de Murcia, y Granada; para cursar la teología ganó por oposición una plaza de colegial en San Acacio de Sevilla, joya académica de la orden agustiniana en Andalucía, y famoso por su biblioteca, abierta al público desde mediados del siglo XVIII. Posteriormente obtuvo una plaza de Lector en Artes en el convento de Córdoba y después en Teología, en 1798.
Simultaneó las enseñanzas con el estudio y la reflexión filosófica, ampliando conocimientos de lengua y ciencias naturales, botánica principalmente; con enorme sacrificio venció su temor al púlpito llegando a ser un maestro en la Oratoria sagrada, muchos de cuyos sermones se han conservado.
Cuando en 1808 fue preconizado obispo de Guadix el prior de San Agustín, P. Cabello, él sería designado para sucederle en la prelacía cordobesa. En los años críticos que le toco vivir, vitalizó la disciplina religiosa, mejoró la economía conventual, enriqueció la biblioteca y fomentó el estudio entre los jóvenes religiosos, alcanzando la casa de Córdoba uno de los momentos culminantes de su existencia. Siempre tuvo presente el tema de la juventud y su formación llegando a redactar un Plan de estudios.
En vista de las necesidades primarias que padecía un elevado número de cordobeses, buscó limosnas hasta reunir una cantidad importante; atendió esas urgencias más perentorias y le sobró cierta cantidad que aprovechó para crear la “sopa o comida económica”, en la que se atendía a cien personas diariamente. Con la experiencia sacada de aquí elaboró un informe para la Junta de Abastos, cuyo modelo aceptó e implantó en la ciudad.
En abril de 1811 se retira a Segura de la Sierra donde vivirá unos años en un ambiente de oración y estudio en contacto con la naturaleza, ampliando sus conocimientos de botánica; allí comenzó a escribir La Florida, concebida en forma de diálogo, para formación de la juventud que siempre le había preocupado, y ahora se había incrementado por la invasión francesa y los desastres de la guerra.
Regresa a Córdoba en 1813. Por méritos religiosos, académicos, patrióticos y sociales, el Consejo de Estado le propuso en enero de 1822 para ocupar la sede episcopal de Salamanca pero apenas unos meses después presentaría su renuncia.
El fin del trienio constitucional supuso un cambio radical en la vida de Muñoz Capilla, cuando se retira de todos sus puestos y se recluye en el convento para volver a dedicarse al estudio. Será el tiempo en que acometa la obra de más envergadura: Tratado del verdadero origen de la religión y sus principales épocas, en que se impugna la obra de Dupuis titulada: origen de todos los cultos.
En los inestables años de la minoría de la princesa Isabel, la autoridad civil cordobesa acude de nuevo al convento de San Agustín para pedir a fray José que acepte la dirección del Hospital de la Misericordia (de crónicos o incurables) que estaba en precaria situación económica y con muy serias deficiencias funcionales. Acepta ponerse al frente del establecimiento como un servicio más al evangelio y al pueblo de Córdoba.